至于第二类Y染色体基因，就只在睾丸里面活跃着，据推测，它们和生成精子有直接关系。在佩奇博士看来，这类基因的作用乃是保证男性机能健全；他还有理由相信，它们原是属于其他染色体的，后来在进化的过程中竟窜到Y染色体这边来了。