首先原理差不多，具体细节差异还是有的。跑DNA的话，可以参见人家做AFLP的protocol，当然也要看你想分离的片断大小咯。两者都要用到丙烯酰胺、甲叉丙烯酰胺、TEMED、APS（10%）但是跑DNA一般用TBE（Tris、硼酸、EDTA），还含尿素用于western的蛋白胶多用Tris-HCl，SDSbuffer。蛋白较一般有分离胶和浓缩胶。浓度看分离的东西；上样量的话其实没法比较，染色的方法不一样，DNA银染的话少上点，具体多少我也记不清了，自己查一下吧；如果说是上样体积，看你的梳子大小咯电压：AFLP要求DNA要预电泳，冲洗掉尿素后再插梳子，60W2h；当二甲苯青跑到底部约1/3处终止电泳。DNA的loadingbuffer含染料溴酚蓝、二甲苯青等来指示跑到哪里呢。