克拉科夫雅盖隆大学医学院是波兰最早的医学院，诞生于1364年。同时也是波兰最大的医学院之一。医学院与药学、健康学院在一起。医学院本科专业：营养学、医学、牙科学、药物学、医学分析、物理疗法、医疗急救、电子放射学、护理学、助产学、公共健康。硕士研究生专业：老人及长期护理、保健管理、健康促进。博士研究生项目：制药学、医学、口腔医学、生物医学。以外医学院还有众多博士后项目。医学研究生教育中心与国家顾问、省级、域医疗室在克拉科夫和其他医疗机构实施培训，包括专医生和牙医业化方案培训。学生实习医院包括克拉科夫大学医院、克拉科夫大学儿童医院、克拉科夫大学牙科诊所。在扎科帕内的大学骨科和康复医院医学研究生教育还举办研究生课程：“基础的心理治疗”、“心理治疗的具体问题”等。